Новый епархиальный архиерей Эстонской епархии до принятия иночества — протоиерей Иоанн Яковлевич Богоявленский — родился в 1879 году в Курской области в семье псаломщика. Образование получил в Курской Духовной Семинарии и С.-Петербургской Духовной Академии, которую окончил в 1904 году по первому разряду. В 1915 году получил степень магистра богословия за диссертацию: «Значение Иерусалимского храма в ветхозаветной истории еврейского народа». Автор ряда книг и статей.
В священном сане служил Церкви Христовой с 1905 года в Кронштадте, Гатчине (Павловский собор) и затем в Таллине (Ал.-Невский собор и Симеоновская церковь).
Много лет был преподавателем вероучения.
Всю жизнь занимал и административные посты — благочинного, члена, а затем председателя Епархиального совета и т. п.
В 1946 году был Святейшим Патриархом Алексием назначен ректором вновь открывшихся Ленинградских Духовных Академии и Семинарии.
В декабре 1946 г. овдовел. 12 июня 1947 г. принял монашество с наречением имени Исидора в честь святого священномученика Исидора, пресвитера Юрьева Ливонского, единственного прославленного Церковью святого Эстонской епархии, епархиальным архиереем которой иеромонах Исидор, возведенный вскоре и в сан архимандрита, был назначен указом Святейшего Патриарха.
Преосвященный Исидор хорошо знает нужды и заботы православного населения братской Эстонской Советской Социалистической Республики. Его назначение на ответственный пост правящего епископа епархии было воспринято и русскими и эстонцами с глубоким удовлетворением.
27 июня 1947 года в зале заседаний Священного Синода было совершено наречение архимандрита Нектария (в мире Николая Константиновича Григорьева) во епископа Петрозаводского и Олонецкого.
Чин наречения совершали: Патриарх Московский и всея Руси Алексий, Митрополит Крутицкий и Коломенский Николай, архиепископ Дмитровский Виталий, епископ Ивановский и Кинешемский Паисий.
29 июня 1947 г. в церкви Всех Святых, что в селе Всехсвятском, за Божественной Литургией была совершена хиротония архимандрита Нектария во епископа Петрозаводского и Олонецкого.
Хиротонию совершали: Патриарх Московский и всея Руси Алексий, архиепископ Дмитровский Виталий и епископ Ивановский и Кинешемский Паисий.